Rafael begann seine Tanzausbildung in Barcelona. Danach war er Mitglied der legendären Rambert Dance Company sowohl als Tänzer als auch als stellvertretender Choreograf. 2006 gründete er die Bonachela Dance Company (BDC). Als Choreograf hat er unter anderem Werke für Candoco, George Piper Dances, ITDANSA, Danza Contemporanea de Cuba, Transitions Dance Company und Dance Works Rotterdam geschaffen.
Rafael Bonachela ist seit 2009 Künstlerischer Direktor der Sydney Dance Company. Er hat mehrere Stücke für die Sydney Dance Company kreiert, darunter 360° (2008), we unfold (2009), 6 Breaths (2010), LANDforms (2011), 2 One Another (2012), Project Rameau (2012), Emergence (2013), Les Illuminations (2013), 2 in D Minor (2014), Scattered Rhymes (2014) und Frame of Mind (2015). Darüber hinaus hat er bedeutende Stücke der Bonachela Dance Company ins Repertoire der Sydney Dance Company übergenommen, wie zum Beispiel Soledad and Irony of Fate (2010) und The Land of Yes & The Land of No (2011).
Rafaels Frame of Mind gewann 2015 den Helpmann Award für ‘Beste Choreografie’ und ‘Bestes Tanzstück’. 2 One Another gewann 2012 den Green Room Award in der Kategorie ‘Bestes Ensemble’ und 2013 den Australian Dance Award für ‘Herausragende choreografische Leistung’ und ‘Herausragende Company-Leistung’.
2013 nahm Kaldor Public Art Projects Rafael mit an Bord, um die Choreografie für die Arbeit Revolving Door der Künstler Jennifer Allora und Guillermo Calzadilla zu entwickeln, die Teil der gefeierten Live-Performance Kunstausstellung 13 Rooms war. Für das Sydney Festival 2015 entwickelte Rafael gemeinsam mit der Künstlerin Mira Calix die Choreografie für die Installation Inside There Falls im Carriageworks.
Als international anerkannter Choreograf hat er nicht nur auf hohem Niveau im zeitgenössischen Tanz gearbeitet, sondern auch mit Künstlern aus der Popkultur wie Kylie Minogue, Tina Turner, Sarah Blasko und Katie Noonan sowie führenden Modedesignern wie Dion Lee und Toni Maticevski. Diese gemeinschaftlichen Arbeiten spiegeln die Inspiration wieder, die er aus der heutigen Kultur zieht.
Im Februar 2013 wurde Rafael mit einem Offizierskreuz des Ordens für zivile Verdienste von Seiner Majestät dem König von Spanien ausgezeichnet.